La Universidad de Otavalo tiene convenios vigentes con universidades del país como la Facultad Latinoamericana de Ciencias Sociales FLACSO Ecuador, con la Universidad Andina Simón Bolívar Sede Ecuador y en el exterior con la Universidad de Salamanca en España.
En el exterior la Universidad de Cienfuegos de Cuba envió en el contexto de cooperación interinstitucional a docentes con perfil de Ph.D para el área de investigación de la Universidad de Otavalo. Por otra parte está en proceso de concreción el convenio de cooperación interinstitucional con la Universidad Autónoma de San Luis Potosí de México para desarrollar investigaciones comparativas en torno al pluralismo jurídico.