El Instituto Otavaleño de Antropología, patrono y referente investigativo de la Universidad de Otavalo tiene entre su patrimonio un fondo histórico de la temprana época colonial y republicana hasta el siglo XX. Este archivo ha sido trabajado por investigadores de renombre interesados en conocer el pasado histórico del antiguo corregimiento de Otavalo, y es una fuente importante para el desarrollo de investigaciones históricas y etnohistóricas. Actualmente el fondo cuenta con un catálogo de aproximadamente 6.000 registros con sus respectivos archivos y folios que van desde 1584 hasta inicios del siglo pasado.
